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相互作用 タンパク質同定 | Ｎ末端アミノ酸 配列解析 |
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nanoLC-MS/MS によるタンパク質同定サービス
サービス内容と価格 |
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| SDS-PAGE等により得られたゲル断片をお送りください。 ゲル内消化の上 nanoLC-MS/MS装置を用いて解析を行い、Mascot searchによるタンパク質同定を行います。 |
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| <通常価格> 60,000円／１サンプル（消費税別途） サンプル数が多い場合、値引きします！
※「15サンプル ご注文」の場合の価格は以下のようになります。 54,000円×15サンプル= ８１０,000円（消費税別途） |
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| ※サービスの解析の結果に関して、以下の条件とさせていただきますので ご了解ください。 |
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| 目的のタンパク質量が足りない、またはその他の理由によりサンプル由来のペプチドが検出できないことがあります。 サンプル由来のペプチドが検出できなかったときは、A）又は B）を選択していただきます。 |
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| A） | 再度サンプルを調製していただき、もう一度 解析させていただきます。 その場合、再解析の結果如何にかかわらず、当初の 60,000円／１サンプル（消費税別途）を請求させていただきます。 |
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| B） | この段階で 更なる解析を断念される場合、上記価格に代えて、15,000円／１サンプル（消費税別途）をご負担していただきます。 |
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| 解析サンプルの準備（注意すべきことをまとめましたので、参考にしてください。） |
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| １） | サンプルの必要量 ●100 fmol 以上 |
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| 銀染色の場合は、定量性がない為、正確な量を判断するのは困難ですが、SDS-PAGEの際、コントロールとしてBSA (100 fmol)を同じゲルにロードしていただくか、あるいは分子量マーカーのロード量を適宜調節していただき、それをおよその目安としてサンプル量を見積もってください。 |
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| ２) | ケラチン（コンタミ）の排除 |
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| サンプルにケラチンの混入を極力避けることが必要です。nanoLC-MS/MSの感度は大変高く、ケラチンの混入量によって、解析結果が大きく左右されます。通常の実験では問題のないことが、 MSの測定では大きな問題になることがあります。 | |||||||||||||||||
| １ SDS-PAGE用ゲル | |||||||||||||||||
| 基本的には、市販のゲル使用をお勧めします。自製されるときは、ストックのアクリルアミド溶液を使わずに、すべて新たに調製してください。 | |||||||||||||||||
| ２ SDS-PAGE用サンプルバッファー | |||||||||||||||||
| 必ず新しく調製したサンプルバッファーをご使用ください。 |
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| ３） | 染色 （脱色は不要です） | ||||||||||||||||
| CBB染色の場合は、新たに調製した染色液で染色してください。 銀染色の場合、染色感度を上げるために使われる架橋剤（グルタルアルデヒドなど）を使用しないで染色する必要があります。 MS用の銀染色キットが市販されていますので、そのキットを使うことをお勧めします。 脱色は 当方で行いますので、切り出したバンドを脱色せず そのままお送りください。 |
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| ４） | 架橋剤の使用 | ||||||||||||||||
| 架橋剤の使用は、解析のためのサンプル消化に重大な影響があり、解析が困難となることがあります。 送付いただくサンプルの前処理段階においても、架橋剤はご使用にならないでください。 すでに架橋剤を使用された場合は、サンプル送付前に、どのような架橋剤をどの段階で使用されたか、必ずご連絡いただけますよう お願いいたします。 |
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| ５） |
ゲル断片の取り扱い | ||||||||||||||||
| ゲルを切出す際には、できる限り 余分なゲルが含まれないように スライスしてください。 ゲル量が多すぎると、酵素消化の効率が下がり、ゲルに由来する夾雑成分などの影響により 解析が難しくなります。 バンドが薄い場合、同じバンドを複数集めることでサンプル量は確保できますが、上記の理由から 解析が難しくなります。 可能な限り アプライ量を増やす、あるいは濃縮により、ゲル断片当たりのサンプル量を増やしていただくことで いい結果が生まれます。 切り出したゲルは、断片ごとに 0.5mL 又は 1.5mL チューブに入れてください。（マイクロプレートを ご使用の際も、必ず チューブに移してお送りくださいますようお願いします。） |
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| ご注文方法 |
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解析サンプルゲルのご準備ができましたら 解析依頼メールを送信ください。 送信先メールアドレス pro@jbios.co.jp |
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| メールで連絡していただきたい事項 | |||||||||||||||||
| １．ご注文者（研究機関名、所属、氏名、住所、電話番号、メールアドレス） | |||||||||||||||||
| ２．お送りいただくサンプルに関する情報 | |||||||||||||||||
| A. ゲル断片個数 | |||||||||||||||||
| B. サンプル由来（生物種） ＜参考…MASCOT解析における生物種＞ | |||||||||||||||||
| C. 目的蛋白質分子量 | |||||||||||||||||
| D. 染色方法 MS用の染色キットをご使用ください。 |
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| E. 架橋剤使用の有無 使用の場合は、具体的なメーカーとその種類を教えてください。 |
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| F. 界面活性剤の使用の有無 使用の場合は、種類とその終濃度を教えてください。 |
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| G. SDS-PAGE染色画像 切り出す前の画像ファイルに 解析対象のバンドを図示してください。 |
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| H. その他特記事項 | |||||||||||||||||
| ３．請求先（請求書宛名、請求先住所、担当者名、その他特別の指示事項） | |||||||||||||||||
| ※内容を確認させていただき サンプルの解析適否を判断の上、返信メールを送らせていただきます。 |
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解析について |
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| 解析所要日数： ２週間（標準日程） | |||||||||||||||||
| 解析が混み合っている場合や、サンプルの解析難易度等によって、標準日程から多少遅れることがあります。 ご理解ください。お急ぎの場合は、可能な限り対応いたしますので、予めご連絡ください。 |
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| 解析手順 |
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| １) | お送りいただいたゲル断片を脱色、システインのSH基の還元処理 及び アルキル化等を実施した上で、トリプシンにより ゲル内消化を行います。 |
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| 2) | 消化されたペプチド断片を抽出し、脱塩処理の上、nanoLC-MS/MSで質量を測定します。 | ||||||||||||||||
| 3) | Mascot search （MS/MS Ion Search）により、タンパク質を同定します。 ＜※参考…MS/MS Ion Search の概要 と 解析例＞ |
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| 解析結果報告 | |||||||||||||||||
| 解析結果が得られ次第、Mascot Search Results (pdf) 、同定されたタンパク質に関する付加情報資料（UniProtKB
などによる）(pdf）、および それらのデータを Excel 形式のレポートにまとめて、メールで報告いたします。 ※質量分析の生データ（AB Sciex 社 Analyst QS用 wiff 形式ファイル）をご希望の方はお申し出ください。 CD-R にてお届けします。（有償） |
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特記事項 １）サンプルの消化方法について 通常、消化効率の優れたプロテアーゼである トリプシンを用いて サンプルを消化させますが、場合によっては それ以外の消化酵素（Glu-Cなど）で対応します。
２）Modificationについて MASCOT の MS/MS Ion Search では、アミノ酸残基の修飾を加味した解析を行うことが出来ます。 想定される Modification に関して情報をお持ちの場合、ご連絡を頂ければ 解析に反映させることが出来ます。 3）検索対象データベースについて 当社では、通常、更新頻度が高く タンパク質のエントリー数が多い NCBInr のデータベースで Mascot 検索を 行っています。 NCBInr 以外のデータベース、あるいは お手元の配列情報（データベース未登録）に対する検索をご希望の場合は ご相談ください。対応を検討いたします。 |
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