DNA RNA の受託合成、プロテオーム受託解析、ペプチド抗体作製
　バイオ研究を支援する

弊社が採用しているsiRNA設計方法（既報の論文と弊社独自のルールを導入）　

�@Gが3つ以上連続する配列、Cが3つ以上連続する配列、およびGCが5つ以上連続する配列（できれば4つ以上）に下線を引き、
　　siRNA配列の対象からはずす。
　　これらのGC配列が、siRNA配列と近接することも可能な限り避ける。
　　また、遺伝子配列全体を眺めてみて、GCリッチな領域、塩基に偏りがある領域も避ける。
　　（こうした配列の領域周辺では、mRNAが特殊な2次構造をとり、siRNAがアニーリングしにくくなる可能性がある。
　　さらにoff-Targetの確率が高まる（少しのミスマッチがあってもアニーリングしてRNAiを誘発してしまう）のではないかと想像しています）

�AAUがリッチな4塩基（できれば5、6塩基）の配列をマークする。これがsiRNAセンス鎖の3'側になる。

�BAUリッチな配列の上流15塩基程度を見て、GC含量が50%程度以下であることを確認する。GC含量が高い場合は避ける。

�CsiRNAコア配列は19塩基から21塩基が良いので、�Aおよび�Bで選択した配列が適当な長さになるように上流、下流ともに1，2塩基ずらし、
　　5'端がGまたはC、3'端がAまたはUになるように、長さを決定する（3'端から2番目の塩基も、Uであるほうが好ましい、2005年7月）。

�Dセンス鎖は、3'側にTTを加える。
　　3'末端はDNAの方が、合成料金が安いため（オーバーハングの付加）。
　　センス鎖オーバーハング部分に相当する2塩基のmRNA配列には、少なくとも1塩基のAまたはUを含んでいることが好ましい。
　　含まない場合は、1塩基上流にずらしてみる。

�Eアンチセンス鎖は、3'側にmRNA配列と相補の2塩基のDNA配列を加える（オーバーハングの付加）。
　　アンチセンス鎖のオーバーハングはmRNA配列と相補であることが必要です。


結果、センス鎖、アンチセンス鎖ともに、全長21塩基から23塩基のsiRNAを設計することになる。

この方法で、1kbのmRNAの中に、少なくと2つから3つの候補が見つかると思います。
上記の方法で設計した3種類のsiRNAを合成すれば、少なくとも2つは遺伝子発現を強力に抑制するようです。
3つとも抑制しない場合は、トランスフェクション効率が悪い、RNAiが起こりにくい性質の細胞株だった等、他の原因が考えられますので、
siRNA設計だけでなく、実験の条件の方を、すでに効果の知られている配列のポジティブコントロールsiRNAを用いて再検討してみてください。

siRNA設計サービス（siRNA合成のご注文いただける方は　この設計サービスは無料）

siRNAの設計をしてみたが自信がない、条件を満たす配列がない、設計をしてみてほしい、といった場合は、お問い合わせください。
弊社で独自に設計し、ご提案させていただいています。
Genbankのaccession number等と、その他ご存知の情報、ご希望(遺伝子の塩基多型情報や、マウスとヒトのターゲット遺伝子に共通で使える配列、
相同性のある遺伝子グループ内でターゲット遺伝子特異的な配列、といったもの)を、info@jbios.co.jp までお知らせください。

siRNA合成のご注文いただける方は　この設計は無料です。
この場合、実験結果を簡単にお知らせいただけると幸いです。
今後の設計の参考とさせていただきます。