Ｔｍ値の計算方式について
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

製品添付の合成報告書にＴｍ値を記載しておりますが このＴｍ値の計算方式を最近接塩基対パラメータ「Nearest Neighbor法」を取り入れて 変更しました。今回採用した具体的な計算方法は下記の通りです。

日本バイオサービスTm値計算方式1M NaCl中における二重鎖の熱力学安定性(�僭°₃₇)は最近接塩基対パラメータ(別表)を用いて(1)式で計算される。
�僭°_37,1MNaCl(kcal・mol^-1)=　Σ�僭゜_37,NN　　　　　　　（１）

熱力学安定性�僭°₃₇　と　溶解温度Tｍの関係は経験式として非自己相補鎖の場合(2)式により求められる。　
Tm^-1 (K) = -3.27×10^-3・�僭゜₃₇^-1 + 2.77×10^-3 （２）

100ｍM NaClの塩濃度における溶解温度Tmは（３）式により補正される
Tm_{,0.1M NaCl} (K) = 0.891 Tm_{, 1M NaCl}+25.0 （３）

(別表)最近接塩基対パラメータThermodynamic parameters for duplex formations in 1 M NaCl-phosphate buffer

Sequence	�僭°37,NN/kcal mol-1
AA/TT	-1.2
AC/TG	-1.5
AG/TC	-1.5
AT/TA	-0.9
CA/GT	-1.7
CC/GG	-2.1
CG/GC	-2.8
GA/CT	-1.5
GC/CG	-2.3
TA/AT	-0.9
Initiation	3.4

尚 長鎖の場合 や 自己相補鎖を一部含む配列の場合は 算出されたTm値に相当の誤差が生じることがあります。

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