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グアニン塩基の近接による蛍光の減光について
                                                                                             

蛍光色素の蛍光強度は、さまざまな実験条件によって、大きく変化します。中でもグアニン塩基と蛍光色素との距離は、減光の大きな要因のひとつとなっています。
このことが原因で、オリゴの蛍光標識の蛍光強度が予想よりも弱いと、クレームをいただくことがあります。標識した蛍光色素とグアニン塩基の距離が近いほど、蛍光の減光(quenching)の効果が大きくなります。
つまり蛍光強度を最大限にするためには、標識したオリゴ鎖やオリゴ鎖とアニーリングするターゲット相補鎖の中のグアニン塩基が、蛍光色素と十分離れていることが重要です。



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