DNA、RNA合成報告書について
                                                                     

製品には 合成報告書 を添付いたします

合成報告書には、配列毎の収量（OD値，μｇ, nmol）、核酸部分の分子量、Tm値等のデータを記載いたします。

計算式は，以下の通りです。

（核酸）分子量 ＝（ NA × 313.2 ）＋（ NC × 289.2 ) ＋（ NG × 329.2 ）＋（ NT × 304.2 ）− 61.9

　※ NA， NC， NG， NT ： A，C，G，T それぞれの塩基数
　※ミックス塩基は それぞれの平均分子量を用いています。
　　イノシン（分子量 314.2）、ウリジン（分子量 290.2）、RNA にも対応。

Tm値 の計算方式はここを参照ください。

モル数 （pM）： [ OD値 ] × 33 （μg）／ [ 核酸分子量 × 1000000 ]

　※ただし、合成産物の純度は 100 ％ と仮定した値です。( カラム精製品の純度は、通常 90 ％ 前後です 。）
　※５’標識、３’標識分の分子量は含んでおりません。
　　厳密には、各標識にもそれぞれ固有の吸光がありますので、測定した吸光度には その影響があるのですが、通常
　　一定の長さのオリゴの場合、オリゴ部分の吸光が十分に高いので その影響を除外して計算しています。
　　鎖長が短いときは、考慮する必要があります。

また、合成報告書に表記した塩基配列は、一部特殊塩基は番号（Ｓ化は小文字）等で表記しております。
製品到着時に必ず配列をご確認ください。

例）イノシン…「５」、ウリジン…「６」

　　Ｓ化オリゴは 小文字で表記しています。

　　５’標識、３’標識等は 手書きで表記しています。

合成品は、精製に使用した溶出溶媒をエバポレータで飛ばして乾固させてお届けしております。
乾燥過程で、最終製品がペレット状、フレーク状等 多様な形態となることがあります。十分に溶解してお使いください。
基本的には水溶性は高いですが、配列組成によって 入念なボルテックス等による手順が必要な場合があります。

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ESI-MSのデータの見方について

ESI-MS質量分析によって、目的オリゴの分子量を確認いただけます。
短鎖長の合成不良オリゴの存非や、塩基欠失オリゴの混入の検出等が実施できます。
鎖長が 40 mer を超えるオリゴは、イオン化しにくいのでデータをお付けできない場合もございます。

目的オリゴのピーク

オリゴDNA RNAの場合、目的オリゴに+Hイオン化されたピークが読みとられますが、目的オリゴのピークが目的分子量と一致せず、数Daずれていることがあります。
コントロール測定によるキャリブレーションで一定の補正が可能ですが、試料ホルダーでのサンプルのプロット位置等、測定誤差が発生することは避けられません。
また、炭素原子の安定同位体13Ｃの存在（同位体存在度=1.1 %)も、含まれる炭素原子数の違いも無視できない値となり、波動の原因となります。

目的オリゴのピーク以外に、以下のようなピークが測定されます。

塩付加ピーク
目的物に+Na（＋23n) 、+K(+39n)等、塩が付加されたサブピークが 目的ピーク近辺に見られることがあります。
測定サンプルは測定前に十分な脱塩処理を実施していますが、配列条件（たとえば　ＧＣリッチな配列）等によって、どうしても
塩付加が避けられない場合があります。

多価イオンピーク
目的オリゴに、２価や３価のイオンが付加されたピークが、目的分子量の１／２、１／３の位置に見られることがあります。
これらのピークは目的オリゴのものと判断されます。

多量体ピーク
目的物が２量体や３量体となったものに　１価のイオンが付加された時　目的分子量の２倍、３倍の位置に多量体ピークが
見られる場合があります。特に自己相補性の高い配列の場合に見られます。これも目的オリゴのものと判断されます。

脱プリンピーク
合成や処理の過程で、オリゴの一部の分解が進むことがあります。
A 及び G塩基のプリン環が壊れる「脱プリン」という現象が見られます。
Ａでは-115〜134Da、Gでは -134〜150Da 短くなったサブピークが現れます。塩基長が長くなったり、イオン化しにくいオリゴ
（たとえばＧリッチなオリゴ）ではこのような現象が時に見られます。

この脱プリン現象は、オリゴの酸化等でも実際にも起きるもの（abasic site)ですので、このように解析の過程で起きた artifactな
ものと残念ながら　区別ができません。
この脱プリンと同様に、レーザー照射によって分解現象が起きる修飾製品もあります。（例　BHQ修飾）

短鎖長ピーク
オリゴ合成は、通常 ３’末端から１塩基ずつ合成を積み上げていきます。１塩基ごとのカップリング（反応）収率は 99 ％ 程度とされています。
すなわち、目的物以外に鎖長の短いオリゴが副生され、そのようなピークが検出されます。通常、精製によってこれらの不純物、短鎖長オリゴを除くのですが、残念ながら、排除できずに残る場合もあります。
これら不純物をできる限り少なくするよう努力しております。

ESI-MSデータに定量性がない理由
鎖長の長いものほど、イオン化しにくいので、チャート上のピークの割合が、その成分割合を示しているわけではなく、イオン化しやすい短いピークが実際より多く見えます。従って、不純物の混合割合やオリゴの純度等の定量的な分析には、残念ながら使用できません。
必要に応じて HPLC分析等より、ESI-MS分析では確認が難しい定量的な分析を補完する必要があります。